De mi-septembre jusqu’à la mi-novembre 1916, la plus grande partie des opérations contre les positions de défense bulgares en Macédoine visait à la capture de Bitola. L’avancement des Alliés était lent et douloureux. Cependant, après la prise de Kaimakchalan, Florina et la traversée de la rivière Cerna, les troupes françaises et serbes ont finalement put approcher Bitola. Durant l’après-midi du 18 septembre, après avoir appris la défaite sur la cote 1212 qui dominait la région de Suvodol, les commandants bulgare ont décidé de se retirer de Bitola car ce n’était plus possible de garder le contrôle de la ville.

Le même jour, les Alliés ont commencé à entendre des explosions et à voir des feux venant de la ville de Bitola, l’armée bulgare détruisait les entrepôts et se préparait à se retenir. C’est à ce moment que le commandant des Alliés a ordonné d’attaquer les ennemis et de les poursuivre. Les derniers soldats bulgares et allemands ont quittés la ville durant la nuit du 18 novembre au 19 novembre. Après plusieurs heures de chaos, le lendemain matin, vers 8 heures, la troupe équestre française est entrée à Bitola. Elle a été chaleureusement accueillie par les applaudissements des citoyens qui n'étaient pas enclins à se soumettre aux autorités bulgares et ils pensaient que s’était la fin de leurs souffrances. Malheureusement, la souffrance, la famine, les épidémies et les bombardements ont continué. 

Le célèbre historien français Jérôme Carcopino était parmi les premiers à entrer à Bitola ce jour-là. Il a transmis des chroniques très intéressantes sur ses souvenirs de ces événements et de la ville elle-même. Il a entre autre laissé un croquis du paysage urbain d'une ville abandonnée. Epuisés, les Alliés se rejouaient tout de même de leur premier grand succès et d’enfin se retrouver dans une ville. Cependant, cette atmosphère n’a duré qu’un seul jour. Quant aux troupes bulgares, bien qu'elles aient quitté la ville, elles occupaient encore des positions dans les environs, notamment Pelister, d’où elles pouvaient ouvrir le feu avec l’artillerie. Leurs positions les plus contestées étaient à seulement 3-4 kilomètres de la ville, et leur aviation était opérationnelle. Au mois de novembre et de décembre, les troupes serbes et françaises ont effectué plusieurs petites opérations dans les alentours de Bitola, en particulier à Pelister. Ils ont essayé de lancer des offensives avec l’infanterie sur les collines environnantes, mais sans le soutien de l'artillerie lourde, ils n’ont pas réussit. Bitola allait encore devoir faire face aux horreurs de la guerre.

Cependant, la prise de Bitola à cette époque avait un côté positif pour les Alliés. Bitola, étant la deuxième ville en Macédoine, elle était reliée à Thessalonique et donc avec le commandant général des Alliés. L’histoire de Bitola était importante pour le monde occidental afin d’attirer l’attention sur le rôle du Front d’orient. De l’autre coté, la perte de Bitola et de la partie sud de la Pélagonie était négative pour l’armée bulgare, du moins pendant un certain temps. Jusqu’à la fin de la guerre, la ville a été bombardée tous les jours. Une grande partie des bâtiments, des maisons et des bâtiments publics ont été détruit et la ville était en ruine.
Environ 4 200 civils ont perdu leurs vies. Après la guerre, Bitola, semblable à Verdun, a été nommée « la ville de souffrance » et elle a été décorée de la Croix de guerre de la République française.